Cái nôi sinh ra hạt trân châu là loài động vật nhuyễn thể như con sò, trai ngọc biển và trai nước ngọt.
Có nhiều người nghĩ trai, sò càng lớn thì hạt trân châu bên trong chúng càng to. Thực tế thì không phải vậy. Chỉ khi nào có ký sinh trùng sống ký sinh hoặc có vật bên ngoài xâm nhập vào trong cơ thể những con sò, con trai thì mới tạo ra được các hạt trân châu.
Thử tách một vỏ trai hoặc là vỏ sò ra thì thấy tầng trong cùng của vỏ có ánh sáng rực rỡ nhất, nhấp nhánh màu sắc như hạt trân châu, đây được gọi là “tầng trân châu”, nó là chất trân châu do màng ngoài tiết ra cấu thành.
Khi ký sinh trùng chui vào vỏ sò, vỏ trai cứng, để bảo vệ cơ thể, màng ngoài của con sò, con trai sẽ nhanh chóng tiết ra chất trân châu bao quanh ký sinh trùng này. Như vậy, thời gian lâu dần sẽ hình thành ra hạt trân châu.
Có lúc khi một số hạt cát rơi vào trong con sò, con trai làm cho chúng nhất thời không có cách nào đẩy nó ra được, sau khi chịu nhiều sự kích thích đau đớn thì chúng đã nhanh chóng từ màng ngoài tiết ra chất trân châu để dần dần bao vây lấy nó. Thời gian lâu dần, bên ngoài hạt cát được bao bọc bởi chất trân châu rất dày, và cũng đã biến thành một hạt trân châu tròn vo.
Khoảng 20 – 30 loài động vật nhuyễn thể có thể sản sinh ra hạt trân châu. Hiện nay, người ta đã xây dựng nơi nuôi trồng nhân tạo, sau khi nuôi lớn một số động vật nhuyễn thể (chủ yếu là trai ngọc), trong tổ chức kết đế màng ngoài cắm nhân vào vỏ trai, và trên nhân phủ một tấm màng ngoài nhỏ, qua một thời gian nhất định thì sẽ sinh ra hạt trân châu nuôi nhân tạo. Trong các khu vực duyên hải và hồ lục địa ở Trung Quốc đều dùng biện pháp này để nuôi trồng trân châu, ngoài ra từ nuôi trồng hạt trân châu bình thường đã phát triển mở rộng ra nuôi trồng hạt màu và hạt hình tượng.